Tetapi perjanjian antara Portugis dengan Pajajaran di bawah kekuasaan Surawisesa mendatangkan kecemasan di Kerajaan Demak, yang saat itu dipimpin oleh Sultan Trenggana. Kecemasan itu mengacu pada Selat Malaka sebagai pintu masuknya perairan Nusantara sebelah utara.
Ketika Sunda dan Malaka sudah dikuasai Portugis, secara otomatis akan melumpuhkan sektor maritim kerajaan di Nusantara. Terlebih Selat Malaka sebagai urat nadi kehidupan ekonomi Kerajaan Demak akan terputus.
Alhasil Demak memutuskan menyerang daerah Banten, dengan menggandeng koalisinya Cirebon. Alasannya karena Banten merupakan pintu masuk utama Selat Sunda. Sebelum pasukan ini datang, di Banten telah terjadi huru-hara yang dilakukan oleh Pangeran Hasanuddin dan para pengikutnya.
Kedatangan pasukan Fatahillah ke Banten, menjadikan masyarakat ketakutan. Mereka berhamburan berlari mengamankan diri, seperti Bupati Banten beserta keluarga besarnya memutuskan untuk mengungsi ke ibu kota Pakuan Pajajaran.
Di tahun 1527 Masehi, Fatahillah beserta pasukannya berhasil merebut Pelabuhan Kelapa dari tangan Pajajaran. Penaklukan ini tidak lain karena pasukan Fatahillah menggunakan meriam yang tidak dimiliki oleh pasukan Pajajaran, sehingga pasukan dari Pakuan berhasil dipukul mundur.
Portugis yang dimintai bantuan oleh Pajajaran, sebenarnya ingin memberikannya bantuan kepada Pajajaran. Tetapi bantuan tersebut tak pernah sampai karena kapal-kapal Portugis diterpa badai di Teluk Benggala, sehingga terlambat tiba di Sunda untuk membantu Pajajaran.