Sementara beberapa kapal Belanda datang dari Banten dan Pulau Onrust, serta mendaratkan 200 prajurit. Kini kastil Belanda itu hanya dipertahankan oleh 530 prajurit. Sementara bagi Mataram, tambahan prajurit terus berdatangan.
Pasukan Mataram berikutnya tiba bulan Oktober 1628 dipimpin oleh Pangeran Mandurareja, cucu Ki Juru Martani. Total seluruh pasukan Mataram ada 10.000 prajurit, termasuk yang tiba sebelum-sebelumnya.
Perang besar pun terjadi di Benteng Belanda. Namun, pasukan Mataram yang unggul jumlah justru mengalami kekalahan besar, karena kurangnya perbekalan. Mengetahui kekalahan ini, Sultan Agung marah dan langsung melakukan tindakan tegas. Pada Desember 1628, Sultan Agung mengirim algojo untuk menghukum mati Tumenggung Bahureksa dan Pangeran Mandurareja, karena dianggap gagal menjalankan misi ke Batavia.