Sunan Bonang memiliki nama kecil Raden Makhdum Ibrahim. Dia putra keempat Sunan Ampel dari pernikahannya dengan Nyai Ageng Manila putri Arya Teja, Bupati Tuban.
Menurut Babad Risaking Majapahit dan Bahad Tjirebon, kakak Sunan Bonang yakni Nyai Patimah bergelar Nyai Gedeng Panyuran, Nyai Wilis alias Nyai Penghulu dan Nyai Taluki bergelar Nyai Gedeng Maloka.
Adik Sunan Bonang yakni Raden Qosim yang kelak ketika menjadi Wali Songo dikenal dengan sebutan Sunan Drajat. Tapi antara Sunan Bonang dan Sunan Drajat lahir dari ibu berbeda.
Sejak kecil Sunan Bonang memiliki hubungan khusus dengan keluarga Bupati Tuban. Dia dibesarkan di lingkungan bangsawan Tuban karena sang ibu kandungnya berasal dari Tuban dan adiknya Arya Wilwatika pernah menjabat Bupati Tuban. Bahkan hingga wafat akhirnya dimakamkan di Tuban.
Sunan Bonang kecil pernah berguru kepada ayahnya di Pesantren Ampel Dento dan berkawan akrab dengan Raden Paku atau Sunan Giri. Selesai menuntut ilmu dari ayahnya, Raden Makhdum Ibrahim dan Raden Paku berpetualang ke Pasai di Aceh.