Pendidikannya diawali dari Sekolah Dasar VII Surabaya pada 1983. Kemudian melanjutkan di SMPN 1 Surabaya pada 1986. Setelah itu, Nico mengenyam pendidikan tingkat atas di SMAN 2 Surabaya pada 1989.
Mantan Kepala SMAN 2 Surabaya, Tatik Kustini, membenarkan bahwa Irjen Pol Nico Afinta merupakan alumnus SMAN 2 Surabaya. Karena itu, dia mengaku bangga begitu mendegar Nico mengemban amanah senagai kapolda Jatim.
“Saya sudah menjadi kepala sekolah di mana-mana. Ketika ada alumninya yang menjadi orang besar, tentu saya ikut bangga,” ujarnya kala itu.
Irjen Nico merupakan perwira tinggi Polri yang kenyang di bidang reserse. Selama bertugas di Kepolisian RI, Nico belum pernah menduduki jabatan di wilayah hukum Polda Jatim. Namun, berdasarkan sejumlah dokumen, Nico lahir dan menghabiskan masa remaja di Surabaya.