Namun rencana suci itu berubah menjadi malapetaka. Menurut sejumlah catatan, Gajah Mada memiliki maksud lain. Dia ingin menjadikan Dyah Pitaloka sebagai simbol takluknya Sunda, bukan sekadar pengantin bagi Raja Hayam Wuruk.
Perbedaan pandangan ini memicu benturan kepentingan politik antara Linggabuana Wisesa dan Gajah Mada. Puncaknya adalah pecahnya pertempuran di pesanggrahan Bubat, yang kini dikenal sebagai Perang Bubat.
Perang tersebut menewaskan hampir seluruh rombongan Sunda, termasuk permaisuri, bangsawan hingga Dyah Pitaloka yang memilih bunuh diri demi menjaga kehormatan keluarga.
Maharaja Linggabuana Wisesa juga gugur di medan laga. Sejak saat itu, hubungan Majapahit dan Sunda memburuk drastis.
Setelah Perang Bubat tahun 1357, Kerajaan Sunda dipimpin Patih Amangkubhumi Bunisora Suradipati sebagai pengganti sementara hingga putra Linggabuana, Niskala Wastu Kancana, cukup umur untuk naik tahta.
Niskala Wastu Kancana akhirnya memimpin Kerajaan Sunda pada 1371 hingga 1475. Meski bertahan lama, luka sejarah akibat Perang Bubat tetap membekas dalam ingatan rakyat Sunda.