KMP Bahtera Nusantara 01 ini akan melayani dua rute utama. Pertama rute dari Tanjung Uban - Tambelan - Sintete dan kembali ke Tanjung Uban dengan jalur yang sama. Untuk rute ini, berangkat dari Tanjung Uban pada Rabu malam, tiba di Tambelan pada Kamis siang, dan malamnya lanjut ke Sintete, tiba Jumat sekitar pukul 06.00 WIB. Kapal akan berlabuh sekitar tiga jam, lalu kembali ke Tanjung Uban dengan melewati Tambelan.
Rute kedua, dari Tanjung Uban menuju Matak - Natuna - Serasan - Sintete PP. Berangkat dari Tanjung Uban Rabu malam, tiba di Matak Kamis siang, lalu lanjut ke Natuna pada malam hari dan tiba di Natuna pada Jumat pagi.
Dari Natuna, kapal akan menuju Serasan dan tiba pada Jumat sekitar pukul 18.00 WIB. Dua jam berlabuh di Natuna, kapal menuju Sintete dan tiba diperkirakan pukul 06.00 WIB keesokan harinya. Kapal akan kembali ke Tanjung Uban melewati rute yang sama setelah berlabuh empat jam di Sintete.
Terkait dengan kedatangan KMP Bahtera Nusantara 01 ke Sintete, pemerintah melalui Kementerian Perhubungan telah membangun dermaga khusus yang berjarak sekitar 700 meter dari Pelabuhan Laut yang sudah ada.
"Untuk kedalaman alur sungai juga sudah cukup, jadi kapal dapat merapat di dermaga," ujarnya.