Pada awal tahun 2000-an, kesehatan Guru Sekumpul mulai menurun dan sakit-sakitan. Dengan semakin menurunnya kesehatan sang guru, maka pengajian tidak lagi dapat berlangsung secara rutin. Beberapa kali pengajian diliburkan, bahkan ada yang diliburkan berbulan-bulan. Dalam kondisi menurun itu beliau menyampaikan pengajian dari dalam rumah yang disiarkan lewat TV, baik dengan kondisi duduk atau sambil berbaring. Jamaah yang datang tetap dapat menyaksikan dan menyimak pengajian beliau meski tidak datang ke Mushalla Arraudhah seperti biasa.
Pada tahun 2005 kondisi Abah Guru Sekumpul semakin kritis hingga kemudian diterbangkan ke Singapura untuk dirawat di Rumah Sakit Mount Elizabeth.
Setelah 10 hari dirawat, Guru Sekumpul dikembalikan ke Martapura. Tepat subuh Rabu 5 Rajab 1424 H/10 Agustus 2005 ulama kharismatik ini wafat pada usia 63 tahun. Beliau dimakamkan di Komplek Sekumpul di samping Mushalla Arraudhah berdampingan dengan makam pamannya (Syekh Semman Mulya) dan ibundanya.
Wallahua’lam