Sungai Mahakam memiliki panjang 920 kilometer. Sungai ini berada di Provinsi Kalimantan Timur yang dikenal sebagai habitat hewan langka, yakni Pesut Mahakam. Hewan ini termasuk dalam jenis lumba-lumba air tawar yang terancam punah.
Sungai Mahakam merupakan sungai terbesar di Kalimantan Timur sehingga sering dimanfaatkan untuk transportasi kapal.
Sungai terpanjang di Indonesia selanjutnya yakni Sungai Barito. Sungai ini memiliki panjang 909 kilometer dan melintasi dua provinsi, yakni Kalimantan Tengah dan Kalimantan Selatan.
Sama seperti Sungai Kapuas, hulu Sungai Barito juga berasal dari Pegunungan Muller. Sementara alirannya berakhir di Laut Jawa.
Sungai ini merupakan jalur distribusi utama kapal tongkang batubara serta muatan hasil hutan kayu maupun hasil hutan nonkayu.