Sebelumnya, ponpes seluas 31,91 hektare tersebut juga tersandung masalah. Bermula dari surat bernomor SB/I.1/6131/XII/2020 tertanggal 18 Desember 2020 yang dilayangkan PTPN VIII (Persero). Surat berperihal somasi pertama dan terakhir ditujukan kepada Pimpinan Pondok Pesantren Alam Agrokultural Markaz Syariah.
Di dalam surat somasi, menyatakan ada permasalahan penguasaan fisik tanah hak guna usaha (HGU) PTPN VIII Kebun Gunung Mas seluas kurang lebih 31,91 ha di Megamendung oleh Pondok Pesantren Alam Agrokultural Markaz Syariah sejak 2013. PTPN VIII memperingatkan agar Pimpinan Pondok Pesantren Alam Agrokultural Markaz Syariah menyerahkan tanah tersebut atau dikosongkan paling lambat tujuh hari terhitung sejak surat diterima.