Masjid Sultan Ternate juga diperkirakan telah dirintis pada masa kejayaan Sultan Zainal Abidin. Namun, ada pula pendapat lain yang mengatakan, masjid ini berdiri pada awal abad ke-17. Saat ini, belum ada angka pasti kapan masjid tersebut didirikan.
Sebagai Kesultanan Islam, Masjid Sultan Ternate dibangun dekat dengan Kedaton Sultan Ternate. Posisi Masjid berkaitan dengan peran masjid dalam kehidupan beragama di Kesultanan Ternate. Banyak tradisi dan ritual keagamaan yang dilakukan di masjid tersebut.
Dibangun pada 24 November 1813 oleh Sultan Muhammad Ali. Bangunan yang tampak menyerupai singa duduk yang kokoh ini memiliki luas bangunan 1.500 meter persegi dan luas 1,5 hektare.
Banyak hal menarik dan unik dalam kedaton ini, salah satunya Mahkota Sultan. Konon, Mahkota tersebut memiliki rambut yang dapat tumbuh setiap saat.
Untuk mencukur rambut ini, diperlukan upacara yang bernama Istampa. Upacara dilakukan satu tahun sekali pada hari raya Idul Adha.