Pada tahun 2016, ia ditugaskan sebagai Kasubdit V/Dittipidum Bareskrim Polri dan kemudian dipercaya sebagai Kasubdit I/Dittipidter Bareskrim Polri. Kariernya semakin bersinar ketika ia diangkat menjadi Koorspripim Polri pada 2019, yang kemudian membawanya mendapatkan promosi sebagai Kakorbinmas Baharkam Polri pada 2020.
Dua tahun kemudian, ia diangkat menjadi Kapolda DIY sejak 14 Oktober 2022. Dalam jabatannya sebagai Kapolda DIY, Irjen Pol Suwondo Nainggolan telah menangani berbagai kasus dan memastikan keamanan wilayah Yogyakarta tetap kondusif. Setelahnya, dia didapuk menduduki Asisten Logistik (Aslog) kapolri.