Dengan marah si pelayan melempar jasad Malayakusuma ke laut. Rombongan lalu melanjutkan perjalanan dengan tawanan yang tersisa. Pada 16 November 1768. Tiba di Wanapala, dua anak Malayakusuma yang masih berusia muda dibunuh . Sedangkan enam wanita, satu anak dan seorang pelayan dikirim ke Surabaya.
Sementara Tirtanagara, adik Malayakusuma yang termuda ditawan pasukan Kompeni di Antang (Sekarang Ngantang). Buntut dari pemberontakan Malang, dan Lumajang, para keturunan dan pengikut Surapati di Blambangan ditangkapi. Begitu juga di Malang. Seluruh keturunan Surapati dan keluarganya ditawan.
Dianggap subversif, seluruh keturunan Surapati dan keluarga yang ditangkap kemudian dijatuhi hukuman mati. Mereka yang selamat dalam pemberontakan Malang, dan Lumajang, bersembunyi di wilayah Sultan Mataram.
Namun dua tahun kemudian atas perintah otoritas Belanda di Semarang, Sultan melakukan operasi penangkapan mereka yang teridentifikasi sebagai keturunan Surapati. Tertangkap 21 orang yang dianggap sebagai kelompok terakhir keluarga Surapati.
Belanda menerapkan gagasan tumpes kelor. Yakni menumpas seluruhnya, baik akar maupun batang. Operasi perburuan keturunan Surapati dilakukan hingga ke Ujung Timur Jawa.
"Ekspedisi militer Belanda ke Ujung Timur Jawa bertujuan melenyapkan para keturunan Surapati, dan melenyapkan mereka dari politik Jawa secara permanen," tulis Ann Kumar dalam Surapati Man and Legend, A Study of Three Babad Traditions.