Menghadapi situasi ini Pemerintah Indonesia mengambil langkah-langkah diplomasi dengan mengedepankan tindakan humanis di Papua. Pada era pemerintahan Abdurrahman Wahid atau dikenal Gus Dur yang menggunakan pendekatan dialog.
Kemudian, era BJ Habibie dengan pendekatan akomodatifnya dan Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) meningkatkan pembangunan di wilayah Papua pada akhir masa pemerintahannya, serta Presiden Jokowi mengedepankan pendekatan dialog dan meningkatkan pembangunan infrastruktur di Papua.
Pemerintah Indonesia juga memberikan bantuan luar negeri kepada negara-negara di kawasan itu. Dalam perkembangannya, OPM semakin gencarf melakukan tindakan kriminal berupa teror kepada masyarakat sipil serta menyerang personel TNI dan Polri.