Gangguan keamanan pertama terjadi pada 9 Januari 2023 yang dialami pesawat Caravan PK-HVV milik PT Ikaros. Pesawat itu ditembak saat akan mendarat di Bandara Oksibil, Kabupaten Pegunungan Bintang.
Kemudian 7 Februari 2023, pesawat Pilatus PC-6 dengan nomor penerbangan PK-BVY milik Susi Air dibakar sesaat setelah mendarat di lapangan terbang Paro, Kabupaten Nduga. Pilotnya, Philip Martenz, disandera hingga kini.
Pada 7 Maret 2023, pesawat cargo milik PT Smart Aviation dan pesawat PT Daby Air ditembaki di Bandara Biloral, Intan Jaya. Sehingga kedua pesawat melakukan go around dan gagal mendarat.
Kemudian pada 11 Maret 2023 pesawat penumpang milik PT Trigana Air tipe B737-500 PK-YSC ditembak saat melakukan tinggal landas dari bandara Nop Goliat, Dekai, Kabupaten Yahukimo, Papua Pegunungan hingga mengakibatkan lubang di bagian bawah badan pesawat.
"IPI berharap seluruh semua pihak menjaga dan melindungi pilot dan penerbangan sipil di Papua dari gangguan keamanan," kata Rama Nayo.