Isi Trikora yakni menggagalkan rencana Belanda untuk mendirikan sebuah negara boneka Papua. Mengibarkan Bendera Merah Putih di Irian Barat sebagai bagian dari wilayah Indonesia yang sah. Kemudian mengerahkan semua sumber daya yang dimiliki bangsa Indonesia untuk berjuang sampai titik darah yang penghabisan.
Salah satu langkah yang dilakukan sebagai pelaksanaan Trikora adalah dengan membentuk Komando Operasi yang bernama Komando Mandala pembebasan Irian Barat. Dalam Komando Mandala, Mayjen TNI Soeharto didaulat menjadi panglima.
Tugasnya adalah mempersiapkan, merancang, dan melaksanakan operasi militer untuk menggabungkan kembali Papua Barat dengan Indonesia. Komando Mandala membuat strategi pembebasan Irian Barat menjadi tiga fase, yaitu Infiltrasi, Eksploitasi, dan Konsolidasi.