Operasi Mapenduma ini berlangsung selama 130 hari, tepatnya mulai 8 Januari 1996 hingga 9 Mei 1996. Kejadiannya berawal dari laporan penculikan Tim Lorentz 95 oleh kelompok OPM di Desa Mapenduma, Distrik Nduga, Jayawijaya.
Para sandera merupakan sekelompok peneliti dari Biological Sciences Club dari Universitas Nasional (Unas) Jakarta dan Emmanuel College dari Cambridge University. Mereka ketika itu sedang meneliti flora dan fauna di pegunungan serta budaya masyarakat di Papua.
Operasi Mapenduma ini memang sangat sulit karena lokasi penyanderaan di tengah hutan. Terlebih di tahun itu TNI belum memiliki satelit, drone dan pesawat pengintai yang baik. Bahkan, peta topografis skala 1:50.000 tak ada. Yang ada hanya peta tangan.
Dalam menjalankan misi ini, Prabowo memutuskan untuk menyerang di enam titik sesuai hasil kajian tim intelijen. Hasilnya, Operasi Mapenduma berhasil membebaskan para sandera. Namun dari total 26 sandera, ada 2 orang yang meninggal dunia.