Menurut Prabowo, Operasi Mapenduma sangat sulit karena lokasi penyanderaan di tengah hutan. Terlebih pada 1996 itu, TNI belum memiliki satelit, drone dan pesawat pengintai yang baik. Bahkan, peta topografis skala 1:50.000 tak ada. Yang ada hanya peta tangan.
“Menjelang waktu akhir harus mengambil keputusan untuk menentukan sasaran, saya bertanya kepada tim intelijen di mana posisi komandan pasukan GPK Kelly Kwalik dan para sandera,” tutur Prabowo.
Namun dengan kondisi geografi sulit, tim intelijen meyakini penyandera dan sandera berada di dalam salah satu dari enam titik dalam 2-3 hari. Menjelang putusan kapan operasi akan dimulai, Prabowo diberi tahu oleh tim peninjau dari luar negeri yakni Inggris.
Mereka menyebut berhasil menyelundupkan satu alat (beacon) pada saat mereka menitip obat-obatan, makanan dan pakaian kepada Palang Merah Internasional kepada para sandera. Alat itu dapat mendeteksi exact location tersebut.