Sayangnya, ketika krisis moneter menerjang Indonesia dan berdampak pada perekonomian negara, penerbangan internasional dari Bandar Udara Internasional Frans Kaisiepo pun dihentikan. Hingga saat ini, penerbangan internasional dari bandara tersebut belum diaktifkan kembali.
Wilayah Bandara Frans Kaisiepo memiliki luas sekitar 206 hektare, dengan landasan pacu berukuran panjang 3.750 meter dan lebar 45 meter. Sejumlah penghargaan pernah diraih oleh Bandara Frans Kaisiepo.
Di antaranya, penghargaan dalam ajang Penganugerahan Penilaian Pelayanan Prima Unit Pelayanan Publik Sektor Transportasi Tahun 2021-2022 Kategori Prima Pratama dari Kementerian Perhubungan.
Selain itu, pada 2022 pula, Bandara Frans Kaisiepo juga menerima Bendera Emas Sertifikat Sistem Manajemen Keselamatan dan Kesehatan Kerja (SMK3) dalam Penghargaan Keselamatan dan Kesehatan Kerja (K3) 2022 dari Kementerian Ketenagakerjaan Republik Indonesia.