Gus Dur berani membuka ruang dialog yang semula tertutup, termasuk dengan pimpinan gerakan Papua Merdeka. Gus Dur memprioritaskan untuk membangun rasa saling percaya dengan rakyat Papua.
“Pada 30 Desember 1999 dimulai jam 8 malam dialog dengan berbagai elemen dilakukan di gedung pertemuan gubernuran di Jayapura. Meskipun dengan cara perwakilan, tetapi banyak sekali yang datang karena penjagaan tidak ketat,” dikutip dari artikel NU Online berjudul Alasan Gus Dur Ubah Nama Irian Jaya Menjadi Papua.
Dalam dialog itu Gus Dur mempersilakan mereka yang hadir untuk berbicara. Ada beragam pendapat, dari keras menuntut kemerdekaan sampai yang memuji pemerintah. Setelah semua pendapat diungkapkan, baru Gus Dur merespons. Dalam salah satu responsnya Gus Dur mengungkapkan keputusannya untuk mengubah nama Irian Jaya jadi Papua.
Pertama, menurut Gus Dur nama Irian itu jelek. Kata itu berasal dari bahasa Arab yang artinya telanjang (Urryan). Dulu ketika orang-orang Arab datang ke pulau itu dan menemukan masyarakatnya masih telanjang sehingga disebut Irian.
Kedua, dalam tradisi orang Jawa kalau punya anak sakit-sakitan, sang anak akan diganti namanya supaya sembuh.