Pertempuran antara VOC dan pasukan Santiago kembali terjadi dengan Sasebohe dan Bawohanggima terus membujuknya. Meskipun Santiago akhirnya dibawa ke kantor VOC di Tahuna dan dipaksa lagi untuk menandatangani kontrak, dia tetap teguh pada prinsipnya.
VOC bahkan mencoba menembak Santiago, tetapi anehnya, peluru-peluru itu tidak mengenai tubuhnya. Mereka akhirnya menggantung Santiago di Tanjung Tahuna. Sultan Kaitjil Sibori kemudian memerintahkan salah satu anggota pasukannya untuk memenggal kepala Santiago.
Adik Santiago, Sapela datang sebelum subuh dan hanya berhasil membawa kepala saudaranya, menguburkannya di antara akar pepohonan besar di pantai dengan tumpukan batu di Nento, Desa Karatung-Paghul pada tahun 1675.
Kuburan rahasia kepala Santiago baru terungkap pada tahun 1950. Sementara tubuhnya diduga dikuburkan di tempat eksekusi di Kelurahan Santiago saat ini.
Sebagai penghormatan, sebuah patung di Miangas, daerah perbatasan antara Indonesia dan Filipina didirikan untuk Santiago. Nama Santiago juga diabadikan sebagai nama markas Kodim 1301 Sangihe dan Korem 131 Santiago di Manado, Sulawesi Utara.
Bataha Santiago meninggal pada usia 53 tahun dan bertepatan ketika dia mengakhiri kekuasannya di Kerajaan Manganitu. Ada sebuah kutipan menyentuh di makamnya bertuliskan 'Biar saya mati digantung, tidak mau tunduk pada Belanda'.