Danau Limboto berada di bagian yang berbentuk cekungan, serta merupakan muara 23 anak sungai.
Menurutnya danau yang kini memiliki banyak tambak ikan milik warga, juga menjadi masalah.
Keramba ikan yang sudah dikapling nelayan semakin mempercepat sedimentasi danau.
“Tahun 2012 saya menyurat ke BPN terkait dua hal, yaitu meninjau kembali sertifikat kepemilikan yang ada di wilayah danau dan kedua tidak lagi mengeluarkan sertifikat di kawasan danau,” ujarnya.
Langkah lain yang telah dilakukan dengan mengeluarkan Peraturan Daerah Nomor 9 Tahun 2017 tentang Rencana Tata Ruang Kawasan Strategis Danau Limboto.
Dalam rapat tersebut, Menteri Koordinator Bidang Kemaritiman dan Investasi Luhut Binsar Pandjaitan melakukan koordinasi mengenai Peraturan Presiden (Perpres) Nomor 60 Tahun 2021 tentang Penyelamatan Danau Prioritas Nasional.