Setara Institute memberikan skor Indeks Kota Toleransi (IKT) 2020 sebesar 6,717. Sebelumnya, pada tahun 2015, 2016, dan 2018 Setara Institute juga menempatkan Salatiga di posisi 10 besar kota paling toleran di Indonesia.
2. Singkawang
Terletak di Provinsi Kalimantan Barat atau tepatnya 145 km di sebelah utara Kota Pontianak, Singkawang menempati posisi kedua sebagai kota paling toleran. Berdasarkan IKT 2020 yang dikeluarkan Setara Institute, Singkawang memperoleh skor 6,450. Posisi ini turun dari peringkat IKT 2018 yang menempati posisi pertama.
Masyarakat Kota Singkawang dikenal dengan masyarakat multietnis. Etnis terbesar yang ada di Kota Singkawang adalah etnis Tionghoa, Dayak, dan Melayu.
Selain itu, Singkawang juga memiliki penduduk dari berbagai suku dan etnis seperti Jawa, Sumatera, Madura, Ambon, dan Sulawesi.
3. Manado
Posisi ketiga ditempati Manado dengan skor IKT 6,200. Posisi ini naik satu peringkat dari tahun 2018. Tak hanya diakui oleh Setara Institute, Manado juga mendapatkan penghargaan dari Sindo Weekly Government Award sebagai kota paling toleran.