Adapun perusahaan transportasi miliknya semakin berkembang. Namun pada 7 Desember 2006, Johnnie meninggal dunia karena luka yang diderita ketika jatuh enam hari sebelumnya. Kepergian pasangan hidupnya, membuat Johnelle memaksa diri untuk terus membangun mimpi Jhonnie dan akhirnya mengambil alih penuh perusahaan suaminya tersebut.
Dengan kegigihan Johnelle dan etos kerja yang kuat, bersama dengan tim baru yang inovatif dan kreatif, J.B. Hunt Transport membuat beberapa perubahan ekonomis. Mereka menstandarisasi armada dengan melakukan efisiensi bahan bakar dan mesin yang lebih kecil, meningkatkan jarak tempuh bahan bakar, efisiensi armada, serta memberikan seragam pengemudi.
Dengan diberlakukannya deregulasi, operator dapat memperluas lokasi dan layanan pelanggan mereka, serta menawarkan harga yang kompetitif. J.B. Hunt unggul di lingkungan baru ini. Perusahaan akhirnya go public dan tumbuh menjadi pemimpin industri hingga kini.
Tidak dapat disangkal ketekunan dan kerja keras Johnelle memainkan peran penting bagi kemajuan dan kesuksesan JB Hunt Transport. Perusahaan ini menjadi salah satu perusahaan transportasi terbesar di AS, dengan penjualan mencapai 12,2 miliar dolar AS.
Johnelle yang yang mengundurkan diri dari perusahaan pada 2008, tetap menjadi pemegang saham individu terbesar perusahaan, dengan 17 persen saham. Sementara sebagai konglomerat, dia juga dikenal dermawaan. Johnelle menyumbangkan 5 juta dolar AS ke JB dan Johnelle Hunt Family Ozark Highlands Center, yang dibuka di Springdale, Arkansas pada Desember 2020.