Dia juga meraih Sarjana (S1) Hukum dari Universitas Krisnadwipayana pada 1992. Kemudian melanjutkan pendidikan S2 dan S3 Program Studi Kajian Ilmu Kepolisian Universitas Indonesia (UI).
Saat menjabat anggota Polri aktif, Benny Mamoto pernah menduduki sejumlah jabatan. Dari mulai penyidik Densus 88 Antiteror Polri, Kepala Unit I/Keamanan Negara-Separatis, Dit I/Kamtrannas Bareskrim Polri (2001), Wakil Direktur II/Ekonomi & Khusus Bareskrim Polri (2006).
Kemudian Wakil Sekretaris NCB-Interpol Indonesia (2007-2009), Direktur Badan Narkotika Nasional–BNN (2009–2012) berpangkat Brigadir Jenderal hingga Deputi Pemberantasan Narkotika BNN berpangkat Inspektur Jenderal (2012-2013).
Selama di Polri, Benny Mamoto juga pernah mendapatkan tugas-tugas di luar negeri. Antara lain mengikuti kursus counter terroism JICA Jepang, memimpin operasi pembebasan sandera di Filipina, penyerahan tahanan buronan tentara Timor Leste ke Dili, hingga melakukan penyelidikan kasus BLBI ke Los Angeles, Amerika Serikat.
Tanda jasa yang pernah diraih Benny Mamoto :
- Satya Lencana Kestiaan 8 tahun,
- Satya Lencana Kesetiaan 16 tahun,
- Satya Lencana Kesetiaan 24 tahun,
- Bintang Bhayangkara Nararya,
- Bintang Bhayangkara Nararya (Prestasi)