2. Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga
Universitas Negeri di Yogya yang murah kedua adalah UIN Sunan Kalijaga yang merupakan Perguruan Tinggi Agama Islam pertama yang ada di Indonesia. Nama Kalijaga diambil dari salah satu penyebar Agama Islam di Jawa yang merupakan Walisongo yaitu Sunan Kalijaga.
UIN Sunan Kalijaga memiliki 8 fakultas di antaranya Fakultas Dakwah dan Komunikasi, Fakultas Syariah dan Hukum, Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan, Fakultas Adab dan Budaya. Selain itu, kampus ini juga memiliki Fakultas Sains dan Teknologi, Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora, Fakultas Ushuluddindan Pemikiran Islam.
Berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 244 Tahun 2022 Tentang Uang Kuliah Tunggal Tahun Akademik 2022-2023, biaya kuliah di UIN Sunan Kalijaga dengan sistem UKT memiliki rentang nol rupiah hingga Rp9 juta untuk program studi selain kedokteran.
3. UPN Veteran Yogyakarta
Universitas Pembangunan Nasional “Veteran” Yogyakarta (UPN Yogyakarta) atau sering disingkat UPN “Veteran” Yogyakarta. Kampus ini memiliki 5 Fakultas di antaranya adalah Fakultas Ekonomi, Fakultas Teknologi Mineral, Fakultas Ilmu Sosial dan Politik, Fakultas Pertanian, Fakultas Teknologi Industri dan Program Pascasarjana.
Biaya kuliah untuk UKT golongan I Rp500.000 dan UKT paling mahal pada golongan VIII sebesar Rp10,76 juta jauh lebih murah dari jurusan yang sama di kampus swasta.