Hingga saat ini, Tower Satu Rusunawa Bener belum pernah digunakan sebagai hunian karena masih dimanfaatkan untuk shelter isolasi bagi pasien Covid-19 sejak September 2020.
Sedangkan untuk tower dua, masih dalam proses seleksi untuk calon penghuni dan diharapkan dapat ditempati pada tahun ini setelah sempat dimanfaatkan sebagai shelter isolasi pasien Covid-19 beberapa waktu lalu.
DPUPKP juga sedang mempersiapkan peraturan terkait ketentuan bagi penghuni dan biaya sewa yang harus dibayarkan karena dimungkinkan biaya sewa lebih tinggi dibanding rusunawa lain yang ada di Kota Yogyakarta.