Berdirinya Kabupaten Bantul juga tidak secara instan begitu saja. Pembentukan Kabupaten Bantul terjadi pada masa perjuangan Pangeran Diponegoro yang berjuang mengusir pemerintah Hindia Belanda sekitar tahun 1825 hingga 1830.
Perang besar terjadi pada tanggal 20 Juli tahun 1825, ketika tentara Belanda datang ke daerah Tegalrejo untuk menangkap Pangeran Diponegoro. Namun, upaya tersebut gagal dan tidak berhasil karena Pangeran Diponegoro sudah lebih dulu mengungsi atau melarikan diri ke daerah Selarong, Bantul.
Pertempuran terus terjadi dan mulai sedikit mereda pasca tahun 1830. Setelah peperangan mulai mereda, pemerintah Belanda mulai membentuk sebuah komisi khusus yang menangani daerah Vorstenlanden atau daerah-daerah yang ada dibawah kekuasaan Monarki. Daerah tersebut meliputi daerah Surakarta, Mangkunegaran, Pakualaman dan Yogyakarta.
Pada tanggal 26 dan 31 Maret 1831, pemerintah Belanda dan Kesultanan Yogyakarta akhirnya menandatangi kontrak perjanjian mengenai pembagian wilayah. Dalam kontrak tersebut, Kesultanan Yogyakarta dibagi menjadi 3 kabupaten yaitu Kabupaten Denggung, Kabupaten Bantulkarang dan Kabupaten Kalasan.