Pada tahun 1992 rumah tersebut mulai dibangun, namun sempat terhenti pada tahun 1996 karena krisis moneter. Pada masa itu, gereja Ayam sempat dimanfaatkan sebagai rumah panti rehabilitasi bagi anak penyandang disabilitas, orang ketergantungan narkoba, ODGJ dan anak muda yang memiliki masalah.
Pada tahun 2000 gereja Ayam sempat ditutup karena ada penolakan dari warga sekitar. Tempat tersebut baru dibuka kembali pada tahun 2014 sebagai tempat wisata.
Gereja Ayam sendiri memiliki beberapa lantai, namun yang paling menarik adalah lantai 4 dimana pengunjung bisa melihat pemandangan puncak Suroloyo, Gunung Sindoro dan Candi Borobudur.