Gua ini dan situs-situs ziarah di dekatnya, seperi di Parangtritis, Parangkusumo, dan Parangwedang, sebuah sumber air hangat. Konon di lokasi-lokasi ini pula adalah tempat yang penting dalam kultus lokal Ratu Kidul.
Pada mitologi Jawa, Ratu Kidul adalah pelindung sekaligus 'istri' dari para raja keraton Jawa tengah bagian selatan, yang keindahannya pasang dan surut sesuai fase bulan.
Konon di kawasan-kawasan ziarah ini, tepatnya di Parangtritis, Panembahan Senopati yang kala itu bersemedi di dalam gua sempat bertemu dengan Ratu Kidul di istana bawah lautnya.
Ketika ia kembali Senopati juga dikisahkan bertemu dengan Sunan Kalijogo yang juga menemui Pangeran Diponegoro.
Saat Diponegoro mengunjungi gua-gua dan tempat ziarah di tahun 1805, tempat ini sudah menjadi situs peziarahan yang penting. Sultan kedua Mataram membuat perjalanan rutin ke sana selama masa-masa awal pemerintahannya dan punya kebiasaan tinggal di Mancingan, selama beberapa hari.
Pondok-pondok kecil terbuka dibangun di tepi laut di Parangkusumo, Parangwedang, dan Parangtritis untuk tempat bersemedi dan melakukan upacara-upacara yang ditujukan bagi Dewi Pantai Laut Selatan.