Perjalanan KA Bandara dari Stasiun Tugu Yogyakarta diawali pada pukul 05.00 WIB dan perjalanan terakhir dijadwalkan pukul 18.00 WIB. Sedangkan dari Stasiun Bandara YIA, perjalanan pertama diawali pukul 07.21 WIB dan terakhir pada pukul 19.15 WIB.
Meskipun frekuensi perjalanan KA Bandara YIA bertambah, namun harga tiket tidak mengalami perubahan yaitu tetap Rp20.000 dari Stasiun Tugu Yogyakarta ke Stasiun Bandara YIA dan sebaliknya. Sedangkan dari Stasiun Wates ke Stasiun Yogyakarta atau sebaliknya tetap Rp10.000.
Tiket dapat dibeli secara online melalui aplikasi KAI Access, website Railink atau aplikasi KA Bandara. Sedangkan pembelian secara offline dilayani di vending machine serta layanan loket di stasiun keberangkatan.
Sebelumnya, kapasitas KA Bandara YIA yang semula ditetapkan 100 persen sudah ditambah menjadi 120 persen sehingga dimungkinkan ada penumpang berdiri maksimal sebanyak 20 persen dari kapasitas.