Sugiantoro mengatakan, ciri khas dari Program Magister Informatika UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta adalah menyelenggarakan kajian yang berfokus pada perekayasaan sistem yang bersifat sosio-religio-teknis. Ini diperlukan untuk memenuhi pesatnya kebutuhan atas perkembangan dunia industri, khususnya industri syariah dan industri halal di era disrupsi ini.
Program Magister Informatika UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta juga didukung oleh staf pengajar yang terdiri dari para guru besar serta dosen-dosen profesional yang telah bersertifikat kompetensi. Mereka merupakan lulusan perguruan tinggi terkemuka baik dalam maupun luar negeri.