Periode ketiga adalah fase Merapi pertengahan yang terjadi sekitar 8.000 tahun lalu. Lelehan dari Merapi pada tahap ini membentuk Bukit Batulawang dan Bukit Gajahmungkur di sisi utara dari puncak.
Saat ini Merapi sudah mengeluarkan lava panas dan awan panas. Diperkirakan juga terjadi letusan eksplosif. Meskipun erupsi Merapi amat jarang bertipe seperti ini. Area kawah yang dinamakan pasar bubrah juga terbentuk pada periode ini.
Tahap terakhir disebut Merapi baru yang dimulai sejak 2.000 tahun lalu. Pasar bubrah yang terbentuk pada periode ketiga membentuk kerucut di puncak Merapi. Sedangkan batuan dasar yang menyusunnya diperkirakan berasal dari fase Merapi tua.
Dalam catatan sejarahnya, Gunung Merapi pernah meletus pada fase Merapi baru ini. Salah satunya adalah erupsi Merapi yang menyebabkan terkuburnya Candi Sambisari. Terletak sekitar 23 kilometer di sebelah selatan Merapi (Kalasan).
Dalam riset bertajuk Menelusuri Kebenaran Letusan Gunung Merapi 1006 (1999) yang dilakukan Supriati Dwi Andreastuti, Chris Newhall dan Joko Dwiyanto, memperkirakan erupsi ini terjadi pada 1006 M.
Candi Sambisari, komplek candi umat Hindu yang dibangun pada era Rakai Garung dari kerajaan Mataram Kuno ditemukan pertama kali pada tahun 1966 dan berada 6,5 meter di bawah tanah yang tidak lain adalah timbunan lahar dingin Merapi.
Sejak saat itu, Gunung Merapi terus mengalami letusan, terakhir Gunung Merapi meletus pada tahun 2010. Hingga saat ini Merapi masih ditetapkan dalam status siaga level III.