Kelenteng ini berada di bawah naungan Majelis Buddhayana Indonesia dengan nama Vihara Buddha Prabha Gondomanan. Bangunan Fuk Ling Miau menjadi cagar budaya pada tanggal 26 Maret 2007 di bawah Surat Perintah Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No PM 25/PW.007/MKP/2007.
Kelenteng Gondomanan menjadi warisan budaya Yogyakarta kategori tempat ibadah (15 April 1999) dari 10 bangunan cagar budaya Yogyakarta.
Tanah tempat didirikan kelenteng ini konon berasal dari keraton Yogyakarta. Saat itu pada masa pemerintahan Sri Sultan Hamengku Buwono VII, warga Tionghoa meminta izin mendirikan tempat ibadah.
Selanjutnya pada tanggal 15 Agustus 1900 Keraton Ngayogyakarta Hadiningrat menghibahkan tanah seluas 1150 m2. Atas usaha Mayor Tionghoa bernama Yap Ping Liem, di atas tanah tersebut didirikan Kelenteng Fuk Ling Miau.