Pemerintah nanti akan melakukan pengawasan dan kurikulumnya juga didatangkan dari luar. Untuk pembelajarannya akan kembali dimurnikan agar tidak muncul gerakan keras yang dapat membahayakan negara.
Pada pemerintahan Presiden BJ Habibie, pemerintah membantu Pondok Pesantren Al Zaytun Rp1,5 Triliun. Saat itu ponpes dihadirkan oleh Panji Gumilang untuk melawan NII.
“Oleh karenanya maka sekarang pemerintah akan berupaya melakukan pemurnian kembali ajaran di Al Zaytun,” ujarnya.
Pemerintah memang tidak berencana membubarkan pondok pesantren, termasuk Ponpes Al Mukmin Ngruki yang dipimpin mantan napi teroris, Abu Bakar Ba'asyir. Jika sembarangan membubarkan lembaga pendidikan maka nanti ke depan akan dipertanyakan Indonesia sebagai negara hukum.