Selain itu, kedatangan tim Uganda di Bandara Narita ada dua atlet yang dikonfirmasi positif Covid-19. Saat itu, satu kasus positif dilaporkan di bandara, sedangkan kasus kedua dilaporkan saat tiba di kamp pelatihan.
Hal tersebut menyebabkan tim Uganda harus melakukan karantina dan menjalankan protokol kesehatan secara ketat. Karantina dilakukan dengan memaksa tujuh pejabat kota dan pengemudi yang memiliki kontak dekat dengan tim Uganda juga turut mengasingkan diri.
Hal itu diberlakukan, karena kedua orang tim Uganda yang terinfeksi varian virus delta, yang diyakini lebih berbahaya menular. Namun, saat ini tim Uganda telah mengakhiri masa isolasi mereka dan mulai berlatih pada 7 Juli 2021. Kemudian, tim Uganda menuju ke perkampungan atlet Olimpiade Tokyo, pada Selasa, 20 Juli 2021 tanpa Ssekitoleko.