Ketika terjun ke dunia kepelatihan, Flandy Limpele lebih sering menangani ganda putra. Dia pernah menukangi ganda putra India Satwiksairaj Rankireddy/Chirag Shetty pada 2019.
Flandy Limpele mengantarkan Satwiksairaj Rankireddy/Chirag Shetty menjadi juara di Thailand Open 2019, runner-up di Prancis Open 2019, serta menjadikan pasangan tersebut berada di peringkat 10 dunia.
Namun, Flandy Limpele mundur dari jabatannya sebagai pelatih ganda putra India karena alasan keluarga pada 2020. Setelah itu, Flandy Limpele pun hijrah ke Malaysia.
Meski belum lama melatih di Malaysia, tangan dingin Flandy Limpele langsung berbuah hasil manis. Dia berhasil meningkatkan performa Aaron Chia/Soh Wooi Yik.