Posisi tersebut pun tidak berubah hingga Q2 selesai. Bagnaia pun mengamankan pole position untuk bisa mengulangi capaian apiknya di edisi pertama Misano.
Berikut adalah hasil lengkap kualifikasi MotoGP Emilia Romagna 2021:
1 Francesco Bagnaia ITA Tim Ducati (GP21)
2 Tim Ducati Jack Miller AUS (GP21)
3 Luca Marini ITA VR46 Avintia Ducati (GP19)
4 Pol Espargaro SPA Repsol Honda (RC213V)
5 Miguel Oliveira POR Red Bull KTM (RC16)
6 Franco Morbidelli ITA Monster Yamaha (YZR-M1)
7 Marc Marquez SPA Repsol Honda (RC213V)
8 Iker Lecuona SPA KTM Tech3 (RC16)
9 Danilo Petrucci ITA KTM Tech3 (RC16)
10 Johann Zarco FRA Pramac Ducati (GP21)
11 Aleix Espargaro ITA Aprilia Gresini (RS-GP)
12 Jorge Martin SPA Pramac Ducati (GP21)
13 Alex Rins SPA Suzuki Ecstar (GSX-RR)
14 Alex Marquez SPA LCR Honda (RC213V)
15 Fabio Quartararo FRA Monster Yamaha (YZR-M1)
16 Takaaki Nakagami JPN LCR Honda (RC213V)
17 Maverick Vinales SPA Aprilia Gresini (RS-GP)
18 Enea Bastianini ITA Avintia Ducati (GP19)
19 Joan Mir SPA Suzuki Ecstar (GSX-RR)
20 Brad Binder RSA Red Bull KTM (RC16)
21 Andrea Dovizioso ITA Petronas Yamaha (YZR-M1)
22 Michele Pirro ITA Tim Ducati (GP21)
23 Valentino Rossi ITA Petronas Yamaha (YZR-M1)