Namun, tidak demikian dengan pembalap Ducati Corse, Francesco Bagnaia. Dia dapat melaju kencang dan mencatatkan waktu 1 menit 31,065 detik dan merebut pole position.
Rekan satu tim Bagnaia, Jack Miller tidak mau kalah. Dia memberikan waktu terbaiknya dan membuat Ducati menempati posisi 1-2. Tetapi, Miller harus berada di posisi kedua dan tertinggal 0,249 detik.
Quartararo kemudian berusaha untuk mengejar. Tetapi, dia justru membuat kesalahan dan akhirnya terjatuh. Dengan hasil itu, dia pun harus puas berada di posisi ketiga
Berikut hasil kualifikasi MotoGP San Marino 2021:
1 Francesco Bagnaia ITA Ducati Team (GP21) 1'31.065s 7/9 297k
2 Jack Miller AUS Ducati Team (GP21) +0.249s 7/8 298k
3 Fabio Quartararo FRA Monster Yamaha (YZR-M1) +0.302s 3/7 291k
4 Jorge Martin SPA Pramac Ducati (GP21)* +0.598s 6/9 297k
5 Johann Zarco FRA Pramac Ducati (GP21) +0.771s 8/8 299k
6 Pol Espargaro SPA Repsol Honda (RC213V) +0.858s 8/8 297k
7 Marc Marquez SPA Repsol Honda (RC213V) +0.870s 3/5 293k
8 Aleix Espargaro SPA Aprilia Gresini (RS-GP) +0.872s 3/4 295k
9 Alex Rins SPA Suzuki Ecstar (GSX-RR) +0.952s 8/8 294k
10 Maverick Viñales SPA Aprilia Gresini (RS-GP) +1.056s 6/7 296k
11 Joan Mir SPA Suzuki Ecstar (GSX-RR) +1.361s 3/7 290k
12 Enea Bastianini ITA Avintia Ducati (GP19)* +1.396s 3/7 293k
Qualifying 1:
13 Takaaki Nakagami JPN LCR Honda (RC213V) 1'32.21s 6/8 293k
14 Michele Pirro ITA Ducati Team (GP21) 1'32.287s 7/7 291k
15 Luca Marini ITA Sky VR46 Avintia Ducati (GP19)* 1'32.289s 7/7 292k
16 Franco Morbidelli ITA Monster Yamaha (YZR-M1) 1'32.296s 3/8 290k
17 Brad Binder RSA Red Bull KTM (RC16) 1'32.427s 6/6 293k
18 Stefan Bradl GER HRC (RC213V) 1'32.439s 6/8 291k
19 Alex Marquez SPA LCR Honda (RC213V) 1'32.476s 6/8 298k
20 Iker Lecuona SPA KTM Tech3 (RC16) 1'32.481s 8/8 292k
21 Miguel Oliveira POR Red Bull KTM (RC16) 1'32.821s 3/8 293k
22 Danilo Petrucci ITA KTM Tech3 (RC16) 1'32.891s 8/8 290k
23 Valentino Rossi ITA Petronas Yamaha (YZR-M1) 1'32.967s 2/6 287k
24 Andrea Dovizioso ITA Petronas Yamaha (YZR-M1) 1'33.098s 8/8 288k