Di barisan depan, Fernandez berusaha memperlebar jarak dari para pesaingnya. Bezzecchi terus membayangi, sedangkan Marquez harus menghadapi tekanan Pedro Acosta dari Red Bull KTM dalam perebutan posisi ketiga.
Persaingan semakin berubah ketika balapan memasuki lap ke-10. Acosta dan Jorge Martin berhasil melewati Marquez sehingga posisi tiga besar ditempati Fernandez, Bezzecchi, dan Martin.
Di luar persaingan podium, Francesco Bagnaia dari Ducati Lenovo, Jack Miller dari Prima Pramac Racing, dan Toprak Razgatlioglu dari Prima Pramac Racing tercatat gagal finis. Ketiganya tidak mampu menyelesaikan balapan utama MotoGP Indonesia 2026.
Memasuki lap ke-15, Fernandez masih bertahan di posisi terdepan. Namun, persaingan di belakangnya tetap berlangsung ketat, terutama antara Marquez dan Acosta yang bergantian menempati posisi keempat.
Perubahan besar terjadi pada lap ke-19 ketika Bezzecchi akhirnya berhasil menyalip Fernandez. Pembalap asal Italia itu mengambil alih pimpinan lomba dan mulai membangun jarak dari pesaing terdekatnya.