Memasuki gim kedua, Jonatan kembali mengontrol jalannya pertandingan dan bermain dengan penuh kepercayaan diri. Agresivitas yang ditunjukkan Jonatan membuat Naraoka tak bisa berbuat banyak.
Hingga interval gim kedua, Jonatan pun unggul cukup jauh yakni 11-5. Selepas interval, Jonatan lengah. Naraoka justru bermain agresif dan mempercepat tempo permainan.
Hal itu membuat Jonatan harus kehilangan angka dan keunggulannya dikejar menjadi 12-9. Untungnya, Jonatan langsung menyadari itu dan kembali ke permainan terbaiknya.
Tanpa membuang waktu, Jonatan pun langsung menambah perolehan poin untuk segera menuntaskan laga. Gim kedua pun ditutup dengan kemenangan Jonatan 21-11.
Dengan hasil ini, maka Jonatan akan menjalani laga hidup mati di laga terakhir Grup B BWF World Tour Finals 2024. Ia akan melawan Kunlavut Vitidsarn asal Thailand untuk berebut satu tiket ke semifinal.