Franco Morbidelli mengawali kariernya dengan mengikuti kompetisi Superstock Eropa 600 bersama Yamaha YZF-R6 pada 2011. Di musim pertama, Morbidelli melakoni empat balapan dengan koleksi 32 poin dan finis di posisi ke-17.
Pada 2012, dia sempat bergabung bersama Bike Service Racing Team dan RCGM Team. Di tahun tersebut, dia melakoni delapan balapan dengan satu podium, satu pole position, 74 poin, dan finis di urutan keenam klasemen akhir.
Bersama San Carlo Team Italia, dia mengendarai Kawasaki Ninja ZX-6R pada kompetisi tahun 2013. Dia menjuarai Superstock 600 Eropa terakhirnya dengan torehan 10 balapan, dua kemenangan, lima podium, dua pole position, satu lap tercepat, dan 154 poin.
Capaian tersebut membuat Franco Morbidelli direkrut Federal Oil Gresini di Moto2 tahun 2013. Sayangnya, dia hanya dapat melakoni 3 balapan dan mendapatkan 0 poin di musim tersebut.
Pada 2014, dia lantas bergabung dengan Italtrans Racing Team. Musim itu, dia berhasil menyelesaikannya dengan 18 balapan, 75 poin, dan finis ke-11 di klasemen akhir. Bersama tim yang sama, Franco mendapatkan satu podium, 90 poin, dan finis ke-10 pada musim 2015.