Kehadiran Morbidelli kemudian memunculkan tim VR46 Academy, akademi pembalap yang digagas Rossi. Alhasil, Morbidelli menjadi murid pertama sosok berjulukan The Doctor itu.
Franco mengawali debut balap motornya ketika memutuskan mengikuti Kejuaraan Superstock Eropa 600 pada 2011. Setelah berhasil menorehkan beberapa prestasi di kejuaraan tersebut. Akhirnya pada 2013 ia naik kasta ke Kejuaraan Moto2 pada 2013.
Sukses menjuarai Kejuaraan Moto2 pada 2017, dirinya kemudian bergabung balapan MotoGp pada 2018 bersama tim Marc VDS. Beberapa kali berganti tim MotoGP, kini Franco membela tim Yamaha Monster Energy dari musim 2021.
Sepak terjang Morbidelli tentu menarik perhatian fans MotoGP. Salah satunya terjadi di MotoGP Mandalika pada Maret 2022 lalu.
Sehari setelah balapan di Sirkuit Mandalika, Morbidelli berusaha mengejar pesawat untuk pulang di Bandara Internasional Lombok. Dia rencananya bakal dikawal oleh polisi dari Polres Lombok Timur sampai ke bandara.