Perubahan utama yang diterapkan Mourinho berpusat pada tiga aspek, yakni nutrisi, disiplin, dan pemulihan pemain. Ketiganya kini mendapatkan pengawasan lebih terpusat dari klub.
Dalam urusan nutrisi, peran ahli gizi klub mengalami perubahan cukup besar. Ahli gizi tidak lagi sekadar memberikan saran, tetapi menyiapkan menu wajib yang sudah ditentukan untuk sarapan dan makanan ringan pemain.
Setiap menu disusun dengan orientasi pada kebutuhan performa atlet, bukan sekadar mengikuti selera pribadi pemain. Meski aturan makanan semakin ketat, tidak ada laporan mengenai keresahan di ruang ganti.
Aturan disiplin juga berubah. Mourinho tidak lagi mengandalkan denda sebagai bentuk sanksi utama. Pemain yang melanggar aturan dapat diberikan sesi latihan gym secara individu dan terpisah dari kelompok.
Selain itu, seluruh pemain diwajibkan tiba di Valdebebas satu jam sebelum sesi latihan dimulai. Aturan tersebut berlaku tanpa pengecualian bagi pemain yang datang terlambat.