Guendouzi tiba di Emirates Stadium pada 2018 lalu lantaran performanya disukai Pelatih Arsenal saat itu Unai Emery. Dia menjadi pemain kunci di lini tengah The Gunners selama satu musim penuh di bawah arahan entrenador berpaspor Spanyol itu.
Namun kariernya merosot setelah terlibat insiden saat bertandang ke markas Brighton and Hove Albion pada 2020 lalu. Guendouzi tertangkap kamera mencekik penyerang Brighton, Neal Maupay
Akibatnya Guendouzi kehilangan tempat di starting XI. Setelahnya dia dipinjamkan ke Hertha Berlin musim lalu, namun tampil kurang memuaskan di Liga Jerman.
Pada musim ini, Guendouzi kembali dipinjamkan oleh Arsenal ke Marseille. Di sana dia tampil tokcer.
Dia mendapat pujian dari Pelatih Marseille, Jorge Sampaoli. Guendouzi disebut sebagai pemain yang punya determinasi tinggi untuk meraih kemenangan.
Guendouzi bermain pada 26 pertandingan di Liga Prancis musim ini. Dia menyumbang tiga gol dan delapan assist yang membawa Marseille duduk di posisi dua membuntuti Paris Saint-Germain.