Fase grup AFC Challenge League 2026/2027 dijadwalkan berlangsung pada 17-24 Oktober 2026. Borneo FC pun memiliki kesempatan tampil di hadapan pendukung sendiri dalam salah satu kompetisi resmi AFC.
Status sebagai tuan rumah turut membawa keuntungan dalam proses drawing. Borneo FC otomatis ditempatkan di pot pertama untuk undian fase grup.
Drawing fase grup AFC Challenge League 2026/2027 dijadwalkan berlangsung pada Kamis (20/8/2026). Hasil pengundian tersebut akan menentukan lawan Borneo FC pada fase awal kompetisi.
Borneo FC sendiri tercatat sebagai salah satu debutan dalam kompetisi kontinental resmi AFC. Selain klub asal Samarinda tersebut, Fortis FC, Homs Al Fidaa SC, dan One Taguig FC juga akan menjalani debut di ajang ini.
Lima klub lainnya akan mencatat debut khusus di babak penyisihan grup AFC Challenge League. Mereka adalah Ahal FC, Al Ittihad Ahli of Aleppo SC, FC Goa, New Taipei City Hang Yuan FC, dan Qadsia SC.