Setelah gantung sepatu, dia melanjutkan pengabdian di jalur kepelatihan. Perannya di tim pelatih Persita dimulai sebagai asisten pelatih pada periode 2007–2008.
Karier Elly Idris terus berlanjut ketika dia dipercaya menjadi pelatih kepala Persita pada musim 2009–2010. Kepercayaan itu menjadi bukti kedekatan dan kontribusinya bagi klub.
Dia kembali ditunjuk memimpin Persita untuk periode 2010–2013. Pada fase tersebut, dia memegang tanggung jawab utama dalam mengarahkan perjalanan tim di kompetisi.
Tak berhenti di situ, dia kembali dipercaya menangani Persita pada musim 2017–2018. Penunjukan tersebut memperlihatkan rekam jejak dan loyalitasnya terhadap klub asal Tangerang itu.
Sebagai pemain dan pelatih, Elly Idris menjadi bagian dari sejarah Persita dalam rentang waktu panjang. Perannya melewati generasi berbeda, mulai dari era sebagai pemain hingga masa kepelatihan.
Kepergian Elly Idris menjadi kehilangan besar bagi Persita dan insan sepak bola Tangerang. Nama dia tercatat sebagai sosok yang mengabdi dalam dua peran penting, di lapangan maupun dari sisi teknis.