Tapi karier kepelatihannya tak terlalu mentereng. Kluivert sempat menukangi tim seperti Jong Twente hingga Klub Turki Adana Demirspor.
Di level negara Kluivert sempat menjadi asisten Timnas Belanda di bawah Louis van Gaal dan caretaker Timnas Curacao. Tapi hanya ada satu prestasi yang ditorehkannya yakni membawa Jong Twente juara Beloften Eredivisie 2011-2012.