Namun begitu, PSIS Semarang justru berhasil menambah keunggulan setelah wasit memberikan hadiah penalti. Jonathan Cantillana (52') berhasil mengeksekusinya dengan dingin, PSIS unggul 3-1.
Memasuki menit ke-55, meski dalam keadaan tertinggal, Bajul Ijo tetap melancarkan serangan demi serangan. Bahkan, peluang emas memperkecil ketertinggalan sempat dimiliki Taisei Marukawa andai tendangannya tak membentur mistar gawang Jandia Eka.
Memasuki menit ke-75, si kulit bundar terus memihak kepada Bajul Ijo. Pasukan Aji Santoso terus berupaya membongkar pertahanan PSIS lewat semua sisi untuk memecah kebuntuan.
Akhirnya, Bajul Ijo mampu mempertipis ketinggalan lewat tandukan Johan Yoga (85'). Gol berawal dari aksi menawan Taisei Marukawa di sisi kiri yang kemudian mengirim umpan terukur kepana Johan.
Pada akhirnya, tambahan waktu tiga menit tak mampu menyelamatkan Persebaya Surabaya dari kekalahan. PSIS Semarang menutup kemenangan di babak kedua dengan skor 3-2.