Bagnaia mengawali sesi cukup baik karena menjadi yang tercepat dengan catatan 1 menit 29,259 detik. Tapi posisi pembalap yang akrab disapa Pecco itu tidak bertahan lama. Posisinya berhasil digusur oleh tandemnya, Marc Marquez dengan catatan 1 menit 28,782 detik.
Rider berjuluk The Baby Alien itu memimpin dengan diikuti Alex Marquez (Gresini Racing), dan Ai Ogura (Trackhouse Aprilia). Sementara Bagnaia terlempar ke posisi empat.
Kendati begitu, Bagnaia terus mencari celah untuk bisa menjadi yang terdepan. Pada akhirnya, Bagnaia naik ke posisi tiga dengan menggeser Ogura. Hanya saja dia masih kesulitan untuk bisa melangkahi Marquez.
Pada akhirnya, Marquez keluar sebagai yang tercepat sekaligus merebut pole position MotoGP Thailand 2025 dengan 1 menit 28,782 detik. Sementara Alex Marquez finis posisi kedua, dan Bagnaia di urutan ketiga. Kemudian Miller di dan Ogura menyusul di posisi empat dan lima.