Setelah itu, Pesut Etam –julukan Borneo- lebih banyak menguasai bola dan mendapat beberapa peluang lewat kerja sama Stefano Lilipaly, Pato dan Jonathan Bustos. Akan tetapi, penyelesaian akhir yang buruk membuat mereka gagal mengonversinya menjadi sebuah gol.
Di sisi lain, PSM juga hampir membuka papan skor via tendangan Everton pada menit 42, namun bola masih melambung tipis di atas mistar gawang. Alhasil, skor kacamata masih belum berubah hingga turun minum.
Babak Kedua
Memasuki babak kedua, Borneo masih memegang kendali permainan. Mereka menekan PSM dengan serangan bola-bola pendek cepat yang sulit untuk diimbangi.
Terus menekan, tim besutan Andre Gaspar itu akhirnya berhasil memecah kebuntuan pada menit 64 via Stefano Lilypaly. Tendangan keras yang dilesatkannya dari luar kotak penalti sempat memantul tanah sehingga menyulitkan Muhammad Reza Pratama untuk menghalaunya. Skor berubah 1-0.
Bak jatuh tertimpa tangga, setelah tertinggal satu gol, Juku Eja harus bermain dengan 10 pemain pada menit 66. Pasalnya, Agung Mannan diganjar kartu kuning kedua oleh wasit setelah melakukan pelanggaran keras pada Pato.